Aktuell gibt es kein spezifisches Medikament, das eine signifikante Verbesserung bei Dup15q-Patienten bewirkt wie bspw. in anderen Syndromen. Es muss demnach individuell für jeden Patienten das passende Medikament oder eine Kombination gefunden werden. Das Ansprechen auf die Behandlung ist variabel. Einige Anfälle können mit dem ersten Medikament leicht kontrolliert werden, andere Anfälle werden für eine Weile kontrolliert und werden dann komplexer, und einige Betroffene leiden an hartnäckigen Anfällen, die nie mit Medikamenten kontrolliert wurden. Manche schwer zu kontrollierenden Anfälle sind mit einem gewissen Grad an Entwicklungsrückschritten verbunden. Begleiterkrankungen (gastrointestinale Beschwerden, Schlafprobleme, Kalorienmangel) können eine entscheidende Rolle im Anfallsmanagement spielen. Im Allgemeinen scheint es, dass typische Benzodiazepine und andere Medikamente, die am GABA-Rezeptor angreifen (bspw. Vigabatrin/Sabril für Spasmen) beim Dup15q-Syndrom eine relative Wirkungslosigkeit bzw. relativ höhere Raten von Anfallsexazerbationen aufweisen können. Es ist möglich, dass dies auf eine abnormale GABAerge Übertragung zurückzuführen ist, die aus der Duplikation eines Clusters von GABA-beta3-Rezeptorgenen in der Region 15q11.2-q13 resultiert. Clobazam (Frisium) ist ein atypisches Benzodiazepin und wird als Dauermedikation in Kombination mit anderen Antiepileptika häufig verwendet ohne erhöhte Anfallsexazerbationen.
